Пригородные перевозки являются социально значимым, но убыточным видом деятельности железной дороги. Только за третий квартал 2010 года убытки СЖД составили 272,5 млн. рублей, с начала года убытки составили более 960 млн. рублей.
Из общей суммы выпадающих доходов около 308,4 млн. рублей — это убытки от организации пригородных железнодорожных перевозок в Ярославской области. В Вологодской области СЖД понесла убытки в размере 160,58 млн. рублей, в Архангельской — 122,67 млн. рублей, в Костромской — 172,84 млн. рублей, в Ивановской — 98,55 млн. рублей. Также более 35,9 млн. рублей СЖД недополучила в Республике Коми, 50,35 млн. — во Владимирской области, и 12,5 млн. рублей — в Кировской области.
В настоящее время на сети железных дорог России реализуется программа поэтапного перехода к полному возмещению выпадающих доходов от организации пригородных пассажирских перевозок. В соответствии с действующим законодательством, регионы вправе регулировать тариф на пригородные перевозки, устанавливая его ниже себестоимости. На сегодняшний день средняя величина действующего зонного тарифа в регионах СЖД составляет 10,8 руб. При этом средняя себестоимость одной зоны — 47,1 руб.
Последний раз изменения стоимости зонных тарифов во всех областях Северной железной дороги происходили в феврале — марте 2010 года, в Архангельской области — в октябре. На данный момент стоимость проезда за одну зону составляет:
в Ярославской области — 8 руб. 80 коп. (в поездах 7000-нумерации: III класс — 10 руб., I класс — 14 руб.);
в Ивановской области — 8 руб. 80 коп.;
в Костромской области — 10 руб.;
в Вологодской области — 14 руб. (в поездах 7000-нумерации — 16 руб.);
в Архангельской области — 11 руб.;
в Республике Коми — 13 руб.;
Выпадающие в результате регулирования тарифа доходы перевозчика должны компенсироваться, однако размер существующих компенсаций не покрывает сумму убытков. Так, прямые дотации из бюджетов регионов для покрытия убытков Северной железной дороги по итогам трех кварталов составили 139,89 млн. рублей. В том числе из бюджета Ярославской области — 72,76 млн. рублей, из бюджета Архангельской области — около 36,4 млн. рублей, и Ивановской области — 19,76 млн. рублей. Кировская область в первом полугодии перечислила 3,84 млн. руб., Республика Коми — 5,16 млн. руб.
