Из общей суммы выпадающих доходов около 226 млн. рублей — это убытки от организации пригородных железнодорожных перевозок в Ярославской области. В Вологодской области СЖД понесла убытки в размере около 115,6 млн. рублей, в Архангельской — 94,7 млн. рублей, в Костромской — 118,5 млн. рублей, в Ивановской — 65,9 млн. рублей. Также более 26,1 млн. рублей СЖД недополучила в Республике Коми, 33 млн. — во Владимирской области, и 8,8 млн. рублей — в Кировской области.
В соответствии с действующим законодательством, регионы вправе регулировать тариф на пригородные перевозки, устанавливая его ниже себестоимости. На сегодняшний день средняя величина действующего зонного тарифа в регионах СЖД составляет 10,8 рублей. При этом средняя себестоимость одной зоны — 47,1 рублей.
Изменения стоимости зонных тарифов во всех областях прохождения Северной железной дороги происходили в феврале — марте 2010 года. На данный момент стоимость проезда за одну зону составляет в Ярославской области — 8 руб. 80 коп, в поездах 7000-нумерации: III класс — 10 руб. 00 коп, I класс — 14 руб. 00 коп., в Ивановской области — 8 руб. 80 коп., во Владимирской области — 14 руб. 00 коп. Цена проезда в одной зоне в Вологодской области составляет 14 руб. 00 коп, а в поездах 7000-нумерации — 16 руб. 00коп. В Архангельской области расстояние длиной в одну зону можно преодолеть за 10 руб. 00 коп., в Республике Коми за 13 руб. 00 коп., а в Костромской и Архангельской областях за 10 руб. 00 коп. Цена проезда одной зоны сохранится до конца текущего года.
Выпадающие в результате регулирования тарифа доходы перевозчика должны компенсироваться, однако размер существующих компенсаций не покрывает сумму убытков. Так, прямые дотации из бюджетов регионов для покрытия убытков Северной железной дороги по итогам первого полугодия составили 79,61 млн. рублей. В том числе из бюджета Ярославской области — 37,76 млн. рублей, из бюджета Архангельской области — около 24,27 млн. рублей, и Ивановской области — 13,05 млн. рублей. Кировская область в первом полугодии перечислила 2,4 млн.руб., Республика Коми — 2,13 млн.руб.
В настоящее время на сети железных дорог России реализуется программа поэтапного перехода к полному возмещению выпадающих доходов от организации пригородных пассажирских перевозок.
