Церковь Николы Надеина — это древнейший каменный храм Ярославля. Вообще, к нему во многом применимо определение «первый». Он первым был построен из камня на городском посаде. Он первым превзошёл по размеру все окрестные церкви и, в целом, здания. Он первым был воздвигнут на деньги купца. Наконец, именно с этого храма начала формироваться ярославская школа церковного зодчества. От стен собора буквально веет стариной. Это явственно ощущает каждый, кто приближается к этой значимой достопримечательности Ярославля. Сейчас храм располагается в плотной городской застройке. Со всех сторон его окружают жилые дома. Но когда-то собор стоял обособленно, величественно возвышаясь над посадом.
С историей его возникновения связано немало легенд. Совершенно точно известно, что он был построен в 1620-1621 годах на месте, где когда-то уже стояла деревянная церковь Николая Чудотворца. По преданию, она сгорела, и на её месте построили новый деревянный храм, но уже в честь Благовещенья Пресвятой Богородицы. Об этой святыне мало что известно. Но очевидно одно: богатый купец Епифаний Андреевич Святешников пожелал на этом месте воздвигнуть собор, какому не было бы равных ни по величине, ни по красоте. И будущая церковь должна быть посвящена святителю Николаю, одному из самых почитаемых святых на Руси, покровителю путешественников. Как известно, Епифаний Святешников часто совершал поездки в дальние края. А значит, ему было просто необходимо покровительство небесных сил. Хотя по другому преданию, собор возвели на том берегу Волги, куда волны принесли икону Николая Чудотворца.
Строительство шло очень активно. Горожане дивились размерам будущего собора и его красоте. Ведь раньше они видели только деревянные церкви и небольшие каменные храмы. Удивительным было и то, что возводится это чудо на купеческие деньги. Раньше на Руси каменные соборы строили или большие монастыри, или великие князья. Надея Святешников (так прозвали Епифания ярославцы) мог себе позволить столь широкий жест. Он был одним из богатейших людей государства. В знак особого расположения монарха он получил особую царскую грамоту, предоставлявшую право на проведение многих торговых операций. Поэтому неудивительно, что созданный храм получил частичку имени своего создателя и стал называться церковью Николы Надеина. Это единственный случай в нашем городе, когда святыня именуется по имени светского лица.
Храм вышел поистине прекрасным. Он представлял собой мощный четверик на высоком подклете, увенчанный пятью главами. Завершённый образ ансамблю придавали Благовещенский придел с двумя башенками и невысокая колокольня.
Однако уже к концу XVII века внешний облик памятника архитектуры изменился. Над колокольней появился новый ярус, оконные проёмы стали более широкими, арки галерей заложены камнем. В начале следующего века изменения продолжаются. Красивое, но, по мнению ярославцев, устаревшее позакомарное покрытие заменяется четырёхскатной крышей, а с южной стороны к собору пристраивается придел Александра Свирского. В 1823 году в приходе появилась новая сначала деревянная, а затем кирпичная часовня. Она была создана специально для иконы Богоматери Толгской. А в 1836 году с позволения Отцов церкви были разобраны четыре главы собора, а на его колокольне установлены хорошие немецкие часы. Церковь стала одноглавой, что никак не уменьшило её стать и красоту.
Интерьеры собора тоже изменялись с течением времени. Первоначально их создавали мастера из артели Любима Агеева. Имена всех 20 живописцев сохранились на южной стороне собора. Чтобы расписать весь храм вместе с приделом и галереями им потребовалось всего три месяца. Фрески иллюстрировали библейские сказания, жизнь Иисуса Христа, а также земные дела Николая Чудотворца. В начале XIX века первоначальную роспись подновили палехские мастера. А позже исходные сюжеты и вовсе были покрыты новой росписью. Правда, по мнению искусствоведов, новые картины были полностью идентичны работам Любима Агеева и его учеников.
Настоящую культурную и художественную ценность представляет собой золочёный иконостас. Если верить источникам, он был создан при участии Фёдора Волкова — основателя первого русского драматического театра.
В советское время сам храм, возможно, пострадал несколько меньше других ярославских церквей. Но неузнаваемо изменилась местность, в которой он располагался. Она была полностью застроена. В соборе в разные периоды размещались фондовые хранилища музеев, жилые квартиры, музей Фёдора Волкова, овощехранилище. С начала 1970-х годов храм обрёл статус музея и был открыт для посетителей.
В настоящее время церковь открыта для ярославцев и гостей города, которые с удовольствием посещают этот уникальный памятник средневековой архитектуры.